传统的生物医学模式强调疾病的生物、理化的致病原因，力图找到机体上的器质性病变，主要依靠躯体治疗。
弗洛伊德异军突起，提出了精神创伤是引起精神疾病的主要原因，主张用精神分析方法来发掘病人被压抑到潜意识内的心理矛盾以治好病人。这就突破了过去那种纯粹靠药物、手术与物理方法的生物医学模式的束缚，开阔了一条重视心理治疗的现代医学模式的新途径。
弗洛伊德所创立的精神分析治疗属于心理动力学心理治疗的范畴，其主要理论基础如下：
（“潜意识决定论。就是说，精神疾病是由于被压抑到潜意识中的心理冲突造成的。从心理地形学来说，弗洛伊德认为，人的心灵的构成有三个层次；①潜意识（深层），指人的本能冲动、被压抑的欲望和本能冲动的潜代物如梦、癔症。它具有强大的心理能量，总要按照快乐原则去寻找出路，追求满足。②前意识（中层），指无意识中可召回的部分，人们能够回忆起来的经验。它是潜意识和意识之间的中介环节，担负着稽查者的任务，不准潜意识的本能欲望侵入意识之中。③意识（表层），指心理的表面部分，是同外界接触直接感知到的一纵即逝的心理现象。其中，潜意识不仅是人的正常活动的内驱力，而且也是人的一切精神疾患产生的深层基础。按照弗洛伊德的观点，从描述意义上说，有两种无意识，即潜在性无意识和动力性无意识；从动力意义上说，只有一种无意识，即被压抑的动力性潜意识。正是这个病人意识不到的潜在心理动力影响着他的外部行为，所以强迫症、恐惧症等神经症患者的表面荒谬不可理解的行为，实际上都有其”隐意“，只是病人自己觉察不到而已。精神分析治疗，就是要通过医生与病人的自由交谈，找出病人潜意识中的”症结“，使之意识化。这就像一个久猜不中的谜语，经医生的点化，病人得到了领悟，症结随之消除，病也就会好了。
从人格结构来说，弗洛伊德认为，人格的构成有三部分：①本我，指最原始的、与生俱来的潜意识结构部分。它像一口本能和欲望沸腾的大锅，具有强大的非理性的心理能量。②自我，指人格中的意识结构部分，是来自本我经外部世界影响而形成的知觉系统。自我代表理智与常识，处于本我与超我之间，按照现实原则，充当仲裁者，具有防御和中介两种职能。③超我，指人格中最文明最道德的部分。它代表良心、自我理想，处于人格的最高层，按照至善原则，指导自我，限制本我，达到自我典范。在弗洛伊德看来，人格的发展是一个潜意识与前意识、意识之间，本我与自我、超我之间的对抗与压抑的过程，如果上述三者保持平衡，就会实现人格的正常发展；如果三者失调乃至破坏，就会导致神经症。
（2）幼年情结决定论。就是说，一切神经症都是由于被压抑在潜意识中那些幼年精神创伤、痛苦体验造成的。在弗洛伊德看来，神经症形成的根源，是被压抑到潜意识中未能得到解决的欲望，是早在幼年时期形成的症结。比如，一个男性工程师的露阴癖患者，常在妇女面前显露阴茎，他为此而受处分、被判刑，虽也恨自己，甚至想切除以得到永久的解脱，但却无法控制自己，仍坚持这种荒谬行为。经反复交谈，原来男性病人出身于农村，幼年期孩子间有过玩生殖器的逗乐行为，成年后由于生活的坎坷一直未婚，在正常性欲无法满足的刺激下，重新以儿童方式发泄解除他的苦闷，做出违背社会道德的行为。通过精神分析治疗，使病人真正意识到并在情感上体验到这是幼年时期形成的病根，现在自己已是成年人，不应再有儿童时期的幼稚行为，这样，他的病也就逐渐得到了治愈。可见，把精神疾病的病因追溯到幼年期的经验是精神分析治疗的合理因素之一。我们在进行心理治疗时，应一开始就告诉病人幼稚的行为源于幼年期的症结，注意向病人介绍医学心理学的理论，要求他们用成人的行为模式代替儿童的行为模式。当然，如果把一切疾病的病因都归结为幼年期性的症结所致，那就庸俗化和简单化了。
（3）性欲决定论。就是说，神经症是由于性心理创伤造成的。弗洛伊德在《一个幻觉的未来》中断言，“人是一个受本能愿望支配的低能弱智的生物。”在他看来，性本能是人类一切心理和行为发生的主要基础，是神经症和精神病产生的根本原因。
弗洛伊德是一个泛性论者，他把人的一切行为动机和社会生活的各个领域均涂上了性的色彩。当然，他所谓的性不仅包括了同生殖器有关的狭义内容，而且具有更广泛的内涵。在他看来，性的后面有一种潜力，常驱使人去寻求快感。弗洛伊德把它叫做力比多。本来力比多是心身的能，但在他的著作中常以“性力‘’代以”心能“。因此，泛性论是弗洛伊德精神分析学中一个极为重要的理论支柱。
早期，弗洛伊德提出性诱惑的神经症病因说。他让患者回忆幼年的经历时，许多人都讲到幼年期的心理创伤几乎都同性有关。特别是女患者诉说他们在幼年期曾受到父亲、叔伯或哥哥（男患者诉说曾受到母亲、姑姨或姐姐）等异性成年人在性方面的引诱和袭击，这些引诱和袭击都是错乱性的，集中在口唇、肛门等区域。弗洛伊德不仅对这些诉说信以为真，而且对自己弟、妹出现癔症症状时也推测他的父母也做过这类诱惑的事。尽管这个学说遭到人们的反对，他仍坚持了好几年。后来他通过临床观察和自我分析，特别是发现了幼年遮蔽性记忆的本质以后，才完全放弃了这个性诱惑学说。
1900年以后，关于神经症的原因，弗洛伊德已不再坚持由于对成年人性活动的禁制的缘故，而突出强调由于：幼年性欲情结影响的结果。弗洛伊德早期把神经衰弱、焦虑性神经症划为现实神经症，认为这些病症的形成均有性生活失调的病史，并推测其物质基础是所谓“性毒素”的缺少或过剩。后来他发现这种假设没有什么科学证据，加之观察到成年人的各种性变态的表现，以及性心理要求和性腺生理功能并没有绝对的因果联系的现象，如一些男性成年后失去性腺，虽然性的生理功能已消失，但是性的心理要求却不受影响。因此，弗洛伊德便把注意的重心转移到性本能的心理方面主要是幼儿性欲方面。他断言，性欲本能尤其是幼儿期的性心理活动在神经症（如癔症、强迫症）的致病中起着一种“不平凡的巨大作用”。
应当指出，在19世纪末至20世纪初的奥国，宗教气氛十分浓厚、社会禁欲非常严重的历史情况下，弗洛伊德的泛性论实际上是对传统的禁欲主义的一种反抗，同时，他把性的问题大胆地作为科学研究的对象，注意研究性心理的自身规律，重视性心理和早期经验对正常人的心理、神经症的形成的重要影响，无疑是具有学术价值和历史意义的。当然，弗洛伊德忽视人的性心理的社会性，夸大人的性心理的自然性及其自身发展的特殊性，就必然陷入生物学化和唯心理论的境地。
上面对经典精神分析治疗的理论基础作了概括的介绍。而新精神分析治疗的理论基础则不同，他们反对弗洛伊德以本我心理学为核心、以泛性论为动力的生物主义和悲观主义，主张从社会、文化因素和人际关系的新视角去说明人的“焦虑”、“内在冲突”、“心理危机”、“精神疾病”产生的原因，把改善文化、社会条件和人际关系等因素提到了治疗原则的首位，明显地突出了尊重并相信人自己有能力克服冲突、挫折的人本主义和乐观主义的精神。
